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公司注册资金为一百万时，实际缴纳税费的具体情况取决于公司的具体情况和当地税收政策。以下是关于公司注册时涉及的主要税费和费用的一般说明。
1、注册资本印花税：根据注册资本金额缴纳印花税，印花税按注册资本的万分之五缴纳，一百万注册资本对应的印花税为五百元，但部分地区可能提供印花税优惠政策，如初创企业可能享受首年或首几年印花税全免或减半征收的优惠。
2、企业所得税：企业所得税是根据企业的利润来计算的，与注册资本金额没有直接关系，企业所得税税率为利润的百分之二十五至百分之二十五之间，具体取决于企业的具体情况和税收政策。
3、其他费用：除了税费，注册公司还需要支付一些其他费用，如工商注册费、代理费、开户费等，这些费用因地区而异，具体金额需咨询当地相关部门或代理机构。
公司注册资金一百万时，实际缴纳的税费包括印花税和部分其他费用，具体金额和优惠政策可能因地区和政策而异，建议咨询当地税务部门或代理机构以获取准确的信息。